Come Capo della Polizia succede al Prefetto Franco Gabrielli con il quale ha lavorato, per molti anni, spalla a spalla durante importanti indagini contro il terrorismo interno ed internazionale.
Tra le più importanti operazioni portate a termine dal prefetto Giannini vengono ricordati gli arresti dei terroristi appartenenti al gruppo della Nuove Brigate Rosse e che, tra la fine degli anni ’90 e gli inizi del 2000, con gli omicidi D’Antona e Biagi e del poliziotto Emanuele Petri, avevano ripreso la lotta armata in Italia riportando alla mente i sanguinari anni di piombo; lo smantellamento di una cellula neo-brigatista che aveva posto in essere un grave attentato dinamitardo contro militari italiani ed aveva in animo di effettuare un attacco contro il vertice G8 in programma alla Maddalena; l’arresto nel 2005 a Roma di uno dei terroristi che, nel luglio di quell’anno, aveva tentato di farsi esplodere, insieme ad altri complici, nella metropolitana di Londra.
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